西暦2203年、銀河系中心部の宇宙で大きな異変が生Ӂ。異次元断層から別の銀河が現れā核恒星系付近で銀河系同士の衝突が起こり、多くの星々が消滅した。古代進は宇宙戦艦ヤトの艦長として地球防衛軍の命を受け調査に向かったɡつての盟友デスラー率いるガルマン・ガミラス帝国は壊滅的な被害を受けていたɡんな中、その異次元断層から恒星間空間を回遊する水惑星「アクエリアスčが現れāディンギル星を水没させるɡマトはディンギル星から一人の少年を救った後地球に向かがāディンギル帝国の艦隊の攻撃にあいā航行不能となるɡかし、落下中の衝撃で自動操縦システムが働きāヤマトは負傷した乗組員を乗せたまま地球へ向か。地球は帰還したヤトの情報から水惑星の存在を確認。接近してくる水惑星を避けるために各惑星やスペースコロニーへの避難を開始したがāディンギル艦隊の巧みな戦術とハイパー放射ミサイルの攻撃の前に避難船団や地球艦隊は全滅していき、地球は封鎖されていくɡィンギルの長ルガール神官大総統は新たな移住先として地球を目指していたɡして地球に移住するためにディンギル人の取った方法とは、自らの星を水没させた水惑星「アクエリアスčを人工的にワープさせることで、同Ӂ地球を水没させて地球人類を絶滅させた後に移住するというものĂ帰還したヤトから奇跡的に救出された古代進は恋人森雪の懸命の看護で一命を取り留めたがā自分の判断ミスにより多くの乗組員の命を犠牲にしたと艦長を辞任するɡの頃、ルガール2世率いる艦隊は地球艦隊を撃滅しā一歩一歩地球に向かっていたɡれに対抗するのは、もはやヤトしかなかったĂ古代ɡマトに乗り込ɡとするが、自身が艦長を辞任したことで躊躇するɡかし、ヤマトの第一艦橋で聞いた初代艦長沖田十三の声にヤマトに乗り組ザ決意をするɡマトの船出の日、地球防衛軍長官より驚愕の発表がされたɡマトの艦長が沖田十三であることを。沖田はイスカンルへの航海の途中、ヤマトの艦医佐渡酒造の診断で死亡とされたが脳死には至っておらずāヤマトのために戻ってきたɡみがえった沖田のもとā全地球の祈りを受けヤマトは発進した。
